Ο  Νικόλαος Βακάλης γεννήθηκε στα Χανιά το 1969. Αποφοίτησε από τη Στρατιωτική Σχολή Αξιωματικών Σωμάτων και το Ιατρικό Τμήμα του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης το 1994.

Εκπαιδεύτηκε στην ειδικότητα της Οφθαλμολογίας στην Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του Γενικού Νοσοκομείου Αθηνών και απέκτησε τον τίτλο ειδικότητας το 2004.  Μετεκπαιδεύτηκε στο εξειδικευμένο τμήμα χειρουργικής παθήσεων του αμφιβληστροειδούς υπό την εποπτεία του καθηγητή της Πανεπιστημιακής Οφθαλμολογικής Κλινικής του Γενικού Νοσοκομείου Αθηνών, Μ. Αποστολόπουλου
​
Εξειδικεύτηκε στις καινούργιες τεχνικές της χειρουργικής αποκατάστασης παθήσεων του αμφιβληστροειδούς και της ωχράς κηλίδος, τραυμάτων και διαβητικής αμφιβληστροειδοπάθειας στο Βέλγιο (Αμβέρσα) στην κλινική St Augustinus υπό τον M.D. Carl Claes.
Από το 2004, έχει δημιουργήσει στο Ναυτικό Νοσοκομείο Αθηνών το τμήμα υαλοειδούς και αμφιβληστροειδούς  με πλήθος χειρουργικών επεμβάσεων.
Το 2018 δημιουργήθηκε για πρώτη φορά το τμήμα χειρουργικής υαλοειδούς- αμφιβληστροειδούς στο Ναυτικό Νοσοκομείο Κρήτης υπό την διεύθυνση του Ν.Βακάλη. 
 
Οι τελευταίες εξελίξεις στον τομέα της χειρουργικής που εφαρμόζονται στο Ναυτικό Νοσοκομείο Αθηνών και Κρήτης  οδήγησαν στη θεραπεία και  ίαση παθήσεων που σχετίζονται  με παθήσεις  της ωχράς κηλίδος και  του αμφιβληστροειδούς που επηρεάζουν σημαντικά την όραση.
 
Νέες θεραπείες και τεχνικές βρίσκονται υπό έρευνα από την Οφθαλμολογική Κλινική  με ακόμα περισσότερα ενθαρρυντικά αποτελέσματα